海南省海防与口岸办公室于2005年8月由原省口岸管理办公室、省打击走私领导小组办公室与省海防委员会办公室合并成立，为省政府办公厅副厅级内设机构。

随着形势的变化，省海防、口岸、打私管理机构几经改革，截至目前内设综合处、海防处、海港口岸处、空港口岸处、反走私处和邮轮游艇处。主管省口岸协会、省邮轮游艇协会。口岸所在市、县设置口岸办，分别是海口市口岸管理办公室、三亚市海防与口岸办公室、文昌市海防与口岸办公室、东方市海防与口岸办公室、澄迈县口岸协调管理委员会办公室、洋浦经济开发区口岸办公室。国家驻海南省口岸查验机构有海口海关、海南出入境检验检疫局、海口出入境边检总站、海南省公安边防总队、海南海事局。

海南省海防与口岸办公室负责制订本省海防管理与基础设施建设、口岸管理与建设和打击走私的法规规章、发展规划和实施细则并组织实施；负责本省海防委员会、打击走私领导小组办公室日常工作；负责本省海防、打击走私与口岸工作的综合管理和协调工作;负责组织验收和审查上报本省口岸的开放与关闭；组织协调开辟国际航线和临时航班（含包机），协助报批外国籍交通运输工具临时进出非开放口岸事宜；督促检查口岸查验单位按照各自的职责，对出入境人员、交通运输工具、货物和行李物品进行检查、检验、检疫、监管；指导监督本省各级口岸管理机构的工作。